前言
众所周知，上一代的RTX2080Ti以极高的性能服务于冷冻电镜领域已达两年之久。今年9月NVIDIA不负众望，给大家带来了新一代GPU，今天我们就来看看其中作为旗舰产品的RTX 3090有哪些提升？
RTX3090采用了NVIDIA最新的Ampere架构，基于三星8nm先进工艺制造，核心频率1440MHz，CUDA核心数量多达10,496个，拥有24GB GDDR6X显存，显存位宽384bit。参数上相比于上一代RTX2080Ti有了大幅度的提升。NVIDIA给RTX3090的定位更接近于一张专业卡，虽然1499美元的官方首发价格要比当年的RTX2080Ti高出许多，但是如果和上一代定位相当的Titan RTX相比，这价格还是很亲民的。
（上图为显卡核心参数对比）
在冷冻电镜领域，GPU的超高运算速度早在2016年初就在流行的cryo-EM软件Relion中有所体现；对于拥有双倍于 RTX2080Ti的CUDA核心数，RTX3090能否大幅提升工作站的性能，实现翻倍式碾压RTX2080Ti？为了弄清楚这些问题，Single Particle公司开展了本次的测试并将结果分享给大家，如果您已购买设备或者正在购买中，或者希望了解任何相关本次测试的其他细节，请联系我们。
正文
本次测试主要分为两个部分：
- 稳定性测试，对GPU进行加压测试，主要工具为gpuburn和RELION benchmark；GPU长时间全功率运转，观察是否出现死机、重启、自动关机或其他情况。
- RELION benchmark性能测试，主要针对2D，3D的不同状态下的性能测试，除了考虑硬件性能、配置合理的运行环境外，我们对软件参数进行了一定优化，从而统计出实际的运行时间和GPU运行时间。
测试结果
- RTX3090与NVDIA其他系列显卡对比
在2D分类计算中，RTX 3090的GPU Time约140mins
- 比GTX 1080Ti 提升了约–82%
- 比 RTX 2080Ti 提升了约–69%
- 比RTX 5000也提升了约– 47%
在3D分类计算中， RTX 3090的GPU Time约32mins
- 比GTX 1080Ti 提升了约–81%
- 比 RTX 2080Ti 提升了约–34%
- 与RTX 5000 的运行时长接近
- RTX3090在数量不超过4张卡的时，会随着数量增加其性能呈现几乎翻倍式的提升；超过4张RTX3090后，运行速度呈非线性提升；
- 优化参数后，在2D和3D分类时，运行时长相对有明显减少。在2D分类计算中，RTX3090 对比 RTX2080Ti加速效果明显，达到超过80%的加速效果；在3D分类中，RTX3090对比RTX2080Ti，运行时长有约34%的提升；
- RTX3090运行稳定，在gpuburn和benchmark测试中未发生死机、卡顿等情况；
- RTX3090功耗有所增加，但性能的提升幅度要超过功耗的提升，在运行程序时RTX3090 GPU利用率能达到90~100%，满载温度基本稳定在75~80℃，比上一代低了近10℃（相同风冷条件下)。
01 RTX 3090 与“GTX1080Ti, RTX2080Ti, RTX5000”性能对比
测试配置单
| OS | Cent 7.8 |
|---|---|
| CPU | Dual Intel Xeon Gold 6230R |
| 内存 | 256GB |
| SSD | 1.92TB NVme |
| 显卡选项1 | 4x NVIDIA RTX 3090 |
| 显卡选项2 | 4x NVIDIA GTX 1080Ti |
| 显卡选项3 | 4x NVIDIA RTX 2080Ti |
| 显卡选项4 | 4x NVIDIA RTX 5000 |
在测评过程中，除了考虑硬件性能、配置环境等，我们还对参数进行了优化。从上面两张图可以看出，RTX3090作为RTX2080Ti的升级版，提升效果还是非常明显的；4张3090显卡运行的3D分类时间已经接近8张2080Ti的显卡运行速度（ 8卡2080Ti参数优化后的运行时间为Real Time 42mins, GPU time 22mins)；在和同价位的RTX5000对比中，其2D分类运行时间差距较为明显；相对于1080Ti，3090的运行速度也几乎是翻倍式的提升。
02 显卡数量对运行速度的影响
测试配置单
| OS | Cent 7.8 |
|---|---|
| CPU | Dual Intel Xeon Gold 5118 |
| 内存 | 256GB |
| SSD | 1.2TB NVme |
| 显卡 | NVIDA RTX 3090 （数量：1,2,4,8,10） |
通过上图性能测试的数据，我们观察到，随着显卡数量增加，运行速度不断提升。从1卡到4卡，几乎线性的性能提升；值得注意的是，当超过4张显卡后，运行速度呈非线性提升。（特别鸣谢 Dr. Ming Sun 对上述1x RTX3090测试结果的指正）
03 优化参数对运行时间的影响
从这轮测试环节的结果来看，在软件运行时，设置不同的参数，运算所需时间都会有所差异。优化参数后，在2D和3D分类时，运行时长相对有明显减少。在2D分类计算中，RTX3090对比 RTX2080Ti加速效果明显，达到超过80%的加速效果；在3D分类中，RTX3090对比RTX2080Ti，运行时长有约34%的提升。
04 满载压测
我们采用gpuburn进行了满负载测试，RTX 3090的温度控制不错，20多摄氏度室温下显卡满载运行，GPU的核心温度基本稳定在80℃以下，而使用率高达90%-100%。再说说3090显卡的稳定性，在不同环境下，测试出来4卡工作站的gflop值为14227s, 10卡工作站的为14407s，稳定性能达到理论值的80%。
单张3090功耗为350瓦，对比之前2080Ti 250瓦的功耗多出了不少，4张或以上3090显卡上机后，总功耗在1700瓦以上，对于使用220V电路的机房可正常运行；（需要说明一点的是，针对某些地区有可能是110V电路的机房，则需要考虑单电路供电不足的问题。）
新出的RTX3090香不香，相信大家看了这篇文章都会有自己的判断。
参考资料
此次RELION benchmark性能测试，主要采用RELION官网上的公开数据库RELION benchmark（the Palsmodium ribosome, 10万个particles, box size为360, Wong et al, eLife 2014）作为测试数据。同样选择的是2D classification 和3D classification来进行运行速度的测评，测试方法和数据来源基于RELION官网：
（本次测评皆是Relion 3.1版本的测试结果）
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